L’Eglise du Japon se glorifie d'avoir donné à l'Église de nombreux martyrs ; saint Paul Miki et ses vingt-cinq compagnons sont les plus connus. Attaché sur la croix face à la mer, Paul Miki continuait de prêcher la religion à ceux qui venaient assister à son supplice. Ses exhortations mirent en colère la foule qui le transperça, ainsi que ses compagnons, à coups de lance. C'était le 5 février 1597.
À partir de 1613, la persécution s'est étendue à tout l'empire, suite à l'ordonnance du Daïfusanna. Le 22 septembre 1622, cinquante chrétiens subirent le martyre à Nagasaki. Vint ensuite de 1636 à 1638 dans l'île de Kushu, la répression d'un soulèvement de chrétiens commandés par Shim bara, où trente-cinq mille furent collectivement massacrés.
Les empereurs, crurent pouvoir étouffer la religion en décrétant la fermeture de tous les ports pour interdire l'entrée des missionnaires. Pendant deux cents ans, l'Église du japon a vécu sans aucun contact avec l'extérieur, jusqu'à l'ère Meiji (milieu du XIXè). Un des premiers missionnaires à y entrer, le père Petitjean, prêcha à Nagasaki. À la fin de l'instruction, une personne lui posa trois questions :
- Croyez-vous à la Vierge Marie?
- Êtes-vous en relation avec le grand chef de Rome?
- Les prêtres ne sont-ils toujours pas mariés ?
Comme la réponse était affirmative sur toute la ligne, la personne révéla que, de tradition ancestrale dans leurs familles, c'étaient les trois preuves qu'une religion était celle qui était pratiquée par leurs aïeux.
Ainsi pendant trois cents ans, ces japonais s'étaient légués de père en fils l'essentiel de la tradition chrétienne, sans aucun autre soutien que leur conscience de baptisés.
Source 365 jours d’espérance avec François-Xavier Nguyën Van Thuân aux éditions du Jubilé.
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